Den Grundstein für das Unternehmen legte Friedrich Johann Wernli-Studer im Jahre 1905, als er mit seinen beiden Söhnen in Trimbach eine Zuckerbäckerei eröffnete. Diese musste er aber Leider wieder schliessen, konnte aber ein Jahr später wieder eine eröffnen.

Im Jahre 1926 wurde die Konditorei zur ersten vollautomatisierten Biscuit-Fabrik der Schweiz ausgebaut, was dem Unternehmen einen Produktionsvorteil verschaffte. Um die produzierten Mengen schnell zu verpacken, wurde in Zusammenarbeit mit SIG in Neuhausen für Wernli eine Packstrasse entwickelt